Die Traquair House Brewery befindet sich im Flügel des Hauses direkt unter der Kapelle. Sie stammt aus den frühen 1700er Jahren und war ursprünglich eine Hausbrauerei, die das Haus und das Anwesen versorgte. In den frühen 1800er Jahren wurde sie stillgelegt, aber nie abgebaut. Sie wurde nach und nach mit dem Gerümpel der Familie gefüllt, bis sie völlig in Vergessenheit geriet. Peter Maxwell Stuart entdeckte die Brauerei Anfang der 1960er Jahre wieder und begann 1965 versuchsweise mit dem Brauen, wobei er die gesamte Originalausrüstung verwendete und die Biere in den Original-Eichenfässern gären ließ, von denen einige über 200 Jahre alt waren. Kürzlich sind Filmaufnahmen aufgetaucht, die den 20. Laird beim Brauen mit seiner Tochter (der heutigen 21. Lady of Traquair) zeigen. 

In den 1970er Jahren gewannen die Biere allmählich an Anerkennung, als „Real Ales“ von Organisationen wie CAMRA wiederentdeckt wurden und Traquair als Pionier der Mikrobrauerei anerkannt wurde. Die Produktion wurde langsam gesteigert und es kamen Anfragen aus der ganzen Welt, was Mitte der 1980er Jahre zum ersten Export in die USA führte. Nach dem Tod von Peter im Jahr 1990 übernahm seine Tochter Catherine die Leitung der Brauerei, die 1994 erweitert wurde. Traquair beschäftigt zwei Vollzeitbrauer, und die reichhaltigen dunklen Biere werden heute in die ganze Welt exportiert, obwohl die Produktion mit nur 1.000 Hektolitern pro Jahr nach wie vor sehr gering ist.